Năm 1998, Trung tâm Sản xuất sạch Việt Nam (VNCPC) được thành lập theo khuôn khổ dự án US/VIE/96/063 do Chính phủ Thụy Sĩ (thông qua Cục Kinh tế Liên bang Thụy Sĩ – SECO) tài trợ. Dự án này do Tổ chức Phát triển Công nghiệp Liên hợp quốc (UNIDO) điều hành và Trường Đại học Bách Khoa (trực tiếp là Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường) thực hiện.
Mục tiêu hoạt động cốt yếu của VNCPC lúc đó là phổ biến rộng rãi khái niệm Sản xuất sạch hơn (SXSH) và xúc tiến việc áp dụng tiếp cận chủ động phòng ngừa ô nhiễm này vào các doanh nghiệp công nghiệp ở Việt Nam.
Trong các năm 2005 – 2009, VNCPC tiếp tục được SECO hỗ trợ tài chính thông qua dự án US/VIE/04/064 để đẩy mạnh các dịch vụ mới về SXSH tại Việt Nam.
Qua quá trình triển khai thành công trình diễn đánh giá SXSH tại khoảng 300 doanh nghiệp trên cả nước, những kết quả thu được đã khẳng định SXSH hoàn toàn có thể được áp dụng thành công ở các doanh nghiệp Việt nam và mang lại cả lợi ích về kinh tế và môi trường cho bản thân doanh nghiệp cũng như cộng đồng.
Trong suốt những năm qua, VNCPC đã đào tạo và xây dựng một mạng lưới các chuyên gia nòng cốt về SXSH trên cả nước để liên tục đẩy mạnh việc áp dụng và phát triển dịch vụ này trên cơ sở kết hợp với các dịch vụ khác về bảo vệ môi trường như: sử dụng năng lượng tiết kiệm và hiệu quả, đổi mới sản phẩm bền vững, trách nhiệm xã hội doanh nghiệp, bảo dưỡng công nghiệp…
Những hoạt động hỗ trợ nghiên cứu chính sách, phổ biến thông tin đã giúp VNCPC tạo dựng được mối quan hệ hợp tác và đối tác rộng rãi với các cơ quan, tổ chức trong nước và quốc tế có cùng quan tâm đến phát triển bền vững ở Việt Nam.
Các hoạt động của VNCPC được quản lý tích hợp theo ISO 9001 và 14001 (chất lượng kết hợp với môi trường) do SGS của Thuỵ Sỹ cấp chứng chỉ và đánh giá giám sát từ năm 2002 đến nay.
Năm 2009, ba bên liên quan của 2 dự án nói trên bao gồm: các cơ quan đại diện về quản lý nhà nước của Việt Nam, đại diện Chính phủ Thụy Sĩ và UNIDO thống nhất đánh giá cao kết quả hoạt động của VNCPC thời gian thực hiện dự án. Trên cơ sở đó các bên đã ủng hộ việc VNCPC đăng ký tư cách pháp nhân dưới tên gọi Công ty TNHH Trung tâm Sản xuất sạch hơn Việt Nam với tôn chỉ mục đích là thực hiện các dịch vụ công góp phần xây dựng một xã hội sản xuất và tiêu dùng bền vững ở Việt Nam.
Phó Hiệu trưởng trường ĐH Bách Khoa Hà Nội trao Giấy chứng nhận kinh doanh cho Giám đốc VNCPC.
Hiện nay, VNCPC là thành viên chính thức trong mạng lưới toàn cầu của UNIDO-UNEP về “Hiệu quả tài nguyên và Sản xuất sạch hơn” (RECPnet).